Is protein folding problem really a NP-complete one ? First investigations

To determine the 3D conformation of proteins is a necessity to understand their functions or interactions with other molecules. It is commonly admitted that, when proteins fold from their primary linear structures to their final 3D conformations, they tend to choose the ones that minimize their free energy. To find the 3D conformation of a protein knowing its amino acid sequence, bioinformaticians use various models of different resolutions and artificial intelligence tools, as the protein folding prediction problem is a NP complete one. More precisely, to determine the backbone structure of the protein using the low resolution models (2D HP square and 3D HP cubic), by finding the conformation that minimize free energy, is intractable exactly. Both the proof of NP-completeness and the 2D prediction consider that acceptable conformations have to satisfy a self-avoiding walk (SAW) requirement, as two different amino acids cannot occupy a same position in the lattice. It is shown in this document that the SAW requirement considered when proving NP-completeness is different from the SAW requirement used in various prediction programs, and that they are different from the real biological requirement. Indeed, the proof of NP completeness and the predictions in silico consider conformations that are not possible in practice. Consequences of this fact are investigated in this research work.Comment: Submitted to Journal of Bioinformatics and Computational Biology, under revie

Intervention en situation de désastre : connaître les conséquences de l'exposition aux catastrophes pour mieux intervenir

Aucun individu, ni aucune communauté d’ici et d’ailleurs n’est à l’abri d’événements traumatisants, comme les catastrophes naturelles ou technologiques ou celles causées par la négligence ou le désespoir humain. Selon plusieurs experts environnementaux, le réchauffement global de la planète ou l’effet de serre provoquerait de nombreux bouleversements climatiques qui seraient à l’origine de plusieurs désastres naturels, dont des inondations, des glissements de terrain et de graves tempêtes de neige ou de verglas. Au Québec, ces types de désastres perturbent annuellement la vie quotidienne de milliers de citoyens. Plusieurs intervenants rémunérés ou bénévoles oeuvrant dans des organismes communautaires peuvent être en contact direct avec ces victimes pendant ou après ces événements traumatisants. L’objectif de cette séance de formation est de permettre à des intervenants rémunérés ou bénévoles d’organismes communautaires et charitables de participer, dans leur propre région, à un forum qui leur est destiné. Cette activité permet de recevoir des informations et du matériel didactique sur les conséquences des catastrophes et des événements traumatisants, sur la santé des individus et des intervenants et propose quelques stratégies à utiliser pour aider les personnes aux prises avec des problèmes de santé post-désastre

Trichinella sp. chez l'ours noir (Ursus americanus) au sud du 50e parallèle au Québec, Canada

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal

Impact agronomique de l'application de composts à base de résidus chitineux

L'effet d'un amendement en compost à base de résidus marins a été étudié en serres et en champs sur deux cultures: l'orge et le soya. Pour les premiers essais, deux types de compost, le CT [indice] 2 S [indice] 2 et le FTS ayant deux degrés de maturités ont été testés. Les résultats en serres nous indiquent que ces composts, indépendamment de leur maturité, n'affectent pas la croissance et le développement de ces cultures végétales. Le premier essai en champs, quart [i.e. quant] à lui, a permis d'étudier l'effet de compost de type FTS ayant 10 jours et 30 jours de maturation après l'ajout de résidus marin. Le second essai a pour sa part, permis de vérifier l'effet de l'ajout de composts FTS ayant deux taux d'amendement en carapaces de crevettes soit 15% et 30%. Les résultats obtenus démontrent que le temps de maturation et le pourcentage de carapaces de crevettes utilisés pour l'amendement ne semblent pas modifier les propriétés du compost. Les résultats démontrent entre autre que l'amendement en composts est bénéfique au développement des plantes."--Résumé abrégé par UMI

Aerial surveys vs hunting statistics to monitor deer density : the example of Anticosti Island (Québec, Canada)

Cervid densities have recently increased in many parts of North America and Europe. To design sustainable harvesting strategies, a good understanding of deer population dynamics and reliable estimates of population densities are required. This is especially true on Anticosti Island, Québec, Canada, where sport hunting is the main source of income, and where long-lasting impacts of white-tailed deer Odocoileus virginianus on the forest ecosystem have been reported due to high deer densities. We compared white-tailed deer densities estimated in 2001 on the basis of an extensive aerial survey of 512 plots, each 3.5 km long by 60 m wide, with indices based on hunting statistics in 24 hunting zones on the island. We found a positive correlation between the number of deer seen per hunter day and the density of deer estimated by the aerial survey, but this correlation was highly influenced by the four locations with the highest densities of deer. We detected no significant correlation between deer density estimated by the aerial survey within each hunting zone and the number of deer harvested per hunter day. Our results underline the need for comparative studies addressing the validity of density indices based on hunting statistics to monitor variations in cervid population numbers

Présence des hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP) dans les compartiments biotiques et abiotiques de la rivière et du fjord du Saguenay

Ce document présente une réévaluation approfondie de la présence des hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP) dans la rivière et le fjord du Saguenay, un système aquatique fortement affecté par les activités anthropiques et notamment par les effluents provenant des alumineries entre les années 1950 et 1980. La matière particulaire en suspension (MPS), les sédiments de surface ainsi que certains organismes benthiques, échantillonnés en 2002 et 2003, ont été analysés pour leur contenu en HAP. Les résultats montrent qu’il n’y a pas de différence significative dans la distribution des HAP extraits de la MPS échantillonnée dans les parties supérieure et inférieure de la rivière Saguenay. Cependant, une variation saisonnière des HAP particulaires totaux apparaît avec des concentrations variant de 12 µg•g‑1 en hiver à 3,2 µg•g‑1 en été. Nous avons estimé que la contribution en HAP particulaires de la rivière Saguenay vers le fjord était d’environ 606 kg par année. Un examen détaillé des profils chromatographiques des HAP nous montre une prédominance des hydrocarbures légers (2 et 3 cycles) dans la MPS de la rivière par opposition aux HAP plus lourds (4 et 5 cycles) surtout présents dans les sédiments de surface du fjord. Le niveau de contamination observé dans les sédiments de surface du fjord du Saguenay en 2002 a été comparé à celui rapporté pour des sédiments échantillonnés en 1982. Toutes les carottes de sédiments montrent des concentrations maximales des HAP dans une couche située entre 15 et 28 cm de profondeur indiquant un enfouissement lent mais constant des sédiments fortement contaminés apportés au fjord dans les années 1960 et 1970. Les HAP totaux mesurés dans nos échantillons de 2002 sont de 8 à 30 fois inférieurs aux concentrations mesurées en 1982. Les HAP mesurés dans les tissus biologiques de quelques espèces benthiques et épi‑benthiques du fjord montrent une prédominance des HAP légers (2 à 3 cycles) avec les plus hautes valeurs présentes chez le vers Nereis sp. et la crevette Pandalus borealis de la baie des Ha! Ha! Avec la réduction importante des sources industrielles des hydrocarbures aromatiques, les hydrocarbures pétrogéniques représentent aujourd’hui une importante contribution à la contamination globale du système Saguenay.This paper presents an exhaustive reevaluation of the presence of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) in the Saguenay Fjord and River, an aquatic environment strongly affected by anthropogenic activities and particularly by industrial effluents from aluminum plants in the years 1950 to 1980. Suspended particulate matter (SPM), surface sediment, and a number of organisms have been sampled in 2002 and 2003 and analyzed for their content in PAHs. Results indicate that distribution of PAHs extracted from SPM sampled in the upper section of the river is not statistically different from the distribution observed for particles from the lower section of the river. However, a seasonal change was observed in total particulate PAHs with concentrations ranging from 12 µg•g‑1 in winter to 3.2 µg•g‑1 in summer. The contribution of particulate PAHs from the river to the fjord was estimated to 606 kg per year. A detailed examination of PAH chromatograms revealed the predominance of light hydrocarbons (2 and 3 rings) in river SPM in contrast to heavier hydrocarbons (4 and 5 rings) particularly abundant in surface sediment from the fjord. The contamination level observed in surface sediments of the Saguenay Fjord in 2002 has been compared to previously published data obtained for samples obtained at the same locations in 1982. All PAH profiles showed maximum concentrations in a layer between 15 and 28 cm depth, indicating a slow but constant burying process of highly contaminated sediment brought to the fjord in the years 1960 to 1970. Total PAHs determined in our samples (2-3 cm layer) are 8 to 30 times lower than those reported for samples collected in 1982. PAHs determined in biological tissues of benthic and epi-benthic species indicated the predominance of light PAHs (2 to 3 rings) with higher values found in shrimps and worms in the Baie des Ha! Ha! With the reduction of industrial sources of pyrogenic hydrocarbons, petrogenic hydrocarbons account now for a major contribution to the global contamination of the Saguenay system

Early onset of vegetation growth vs. rapid green-up : impacts on juvenile mountain ungulates

Seasonal patterns of climate and vegetation growth are expected to be altered by global warming. In alpine environments, the reproduction of birds and mammals is tightly linked to seasonality; therefore such alterations may have strong repercussions on recruitment. We used the normalized difference vegetation index (NDVI), a satellite-based measurement that correlates strongly with aboveground net primary productivity, to explore how annual variations in the timing of vegetation onset and in the rate of change in primary production during green-up affected juvenile growth and survival of bighorn sheep (Ovis canadensis), Alpine ibex (Capra ibex), and mountain goats (Oreamnos americanus) in four different populations in two continents. We indexed timing of onset of vegetation growth by the integrated NDVI (INDVI) in May. The rate of change in primary production during green-up (early May to early July) was estimated as (1) the maximal slope between any two successive bimonthly NDVI values during this period and (2) the slope in NDVI between early May and early July. The maximal slope in NDVI was negatively correlated with lamb growth and survival in both populations of bighorn sheep, growth of mountain goat kids, and survival of Alpine ibex kids, but not with survival of mountain goat kids. There was no effect of INDVI in May and of the slope in NDVI between early May and early July on juvenile growth and survival for any species. Although rapid changes in NDVI during the green-up period could translate into higher plant productivity, they may also lead to a shorter period of availability of high-quality forage over a large spatial scale, decreasing the opportunity for mountain ungulates to exploit high-quality forage. Our results suggest that attempts to forecast how warmer winters and springs will affect animal population dynamics and life histories in alpine environments should consider factors influencing the rate of changes in primary production during green-up and the timing of vegetation onset

Le codéveloppement « inter »professionnel pour aller au-delà des disciplines en formation initiale

La Clinique universitaire d’orthopédagogie de l’Université du Québec à Chicoutimi (Québec, Canada) permet aux étudiants en enseignement en adaptation scolaire et sociale et de travail social d’offrir des services interprofessionnels à la population et, de ce fait, de développer en cours de formation les compétences propres à la collaboration. Pour soutenir la collaboration interprofessionnelle, des dispositifs sont mis en place à l’intérieur des cours, dont celui du groupe de codéveloppement professionnel. L’objectif de l’article est de connaitre la perception des étudiants inscrits au baccalauréat en enseignement en adaptation scolaire et sociale et en travail social quant à l’utilisation des groupes de codéveloppement professionnels comme soutien à la collaboration interprofessionnelle, et ce, au regard des cinq objectifs visés par ce dispositif. L’analyse de contenu d’entrevues de groupe réalisées au début et à la fin du projet rend compte, d’une part, que le contexte de formation favorise l’atteinte des objectifs du codéveloppement et, d’autre part, que les groupes de codéveloppement professionnels permettent la mise en place de facteurs favorisant la création de la relation de collaboration. Ce contexte de formation initiale, instauré dans le cadre d’activités cliniques, permet d’arrimer la théorie à la pratique et d’adapter la formation initiale aux besoins des milieux scolaires et sociaux.The Clinique Universitaire d’Orthopédagogie at the Université du Québec à Chicoutimi (Quebec, Canada) allows students in teaching Special and Social Education and in Social Work to provide interprofessional services to the public and hence to develop, during their training, competencies specific to collaboration. In order to support interdisciplinary collaboration, mechanisms are implemented in courses, including the professional co-development group. The purpose of this article is to describe how the professional co-development group mechanism can support interdisciplinary collaboration work with students in initial training. Through the content analysis of group interviews conducted at the beginning and at the end of the project, it is possible to observe that, on the one hand, the training context enables the achievement of co-development objectives, and on the other hand, that professional co-development groups allow for the implementation of factors promoting the creation of the collaborative relationship. This initial training context, implemented in clinical activities, ensures to bind theory to practice and to adapt the initial training to the needs of the educational and social environments